咖啡树结出的咖啡果经过处理后得到的咖啡生豆并不一定都是好的生豆，而影响咖啡生豆品质和等级的最重要因素就是瑕疵豆。不同瑕疵豆会对咖啡味道产生不同的影响，更为严重的瑕疵豆（比如：发霉豆含有赭麴毒素）会对人体造成损害。

产生瑕疵豆的原因很多，它的种类主要有以下12种：

黑豆

较早成熟掉落地面，长期与地面接触而发酵变黑的豆子。可轻易通过手选步骤挑除。混入黑豆煮出来的咖啡会产生腐臭味且浑浊。

未熟豆

在其成熟前就被采摘下的豆子，有腥膻、令人做呕的味道。将咖啡豆放置数年就是为了对付这些未成熟豆而采取的对策。

发霉豆

因干燥不完全，或是在运输、保管过程中过于潮湿，而长出青色、白色的霉菌，有时会使豆子粘在一起，若不去除这些发霉豆，会产生霉臭味。

死豆

非正常结果的豆子。颜色不易因烘焙而改变，故容易分辨出来。味道平淡，与银皮同样有害无益，会成为异味的来源。

发酵豆

主要分两大类：一种是在水洗法处理咖啡时在发酵槽浸泡时间过长，被水洗咖啡豆的水污染而形成；另一种是堆放在仓库的关系，因而附着细菌，豆子表面变得斑驳。发酵豆外表不易分辨出来，应特别注意。发酵豆如果混入咖啡中会产生腐臭味。

枯萎豆

很像手在水里泡太久，手会皱皱的样子。这是因为咖啡果实在生长过程中缺少水分。这样的咖啡豆会带有烟草味。

干豆

干掉的果肉覆盖在带壳豆上，干旱或病害造成咖啡果实在树上干掉而落地，或是在水洗或日晒后处理不佳。这样的咖啡豆带有霉味、发酵味。

带壳豆

咖啡内果皮覆盖在咖啡豆果肉内侧，多残留在水洗法处理的咖啡豆上，烘焙时的透热性差，有时还会着火燃烧，是造成咖啡涩味的原因。

虫蛀豆

虫子在咖啡果实成熟变红之际侵入产卵，幼虫啃食咖啡果实成长，豆子表面会留下虫蛀痕迹。虫蛀豆会造成咖啡液混浊，有时会产生怪味。

贝壳豆

干燥不良或者杂交异常而产生，豆子从中央线处破裂，内侧像贝壳般翻出。贝壳豆会造成烘焙不均，进行深度烘焙时容易着火。

破碎豆

在去除果肉或干燥过程中，机器设备不良造成对咖啡豆的过度压迫或摩擦。咖啡豆有缺角，会有发酵味和发臭味。

外来物

在收成或是后面操作时掺入石头或树枝，会因外来物的不同味道而带来不好的风味，也会对研磨设备造成损坏。